教育・研究指導体制

３構成大学に所属する教員が大学の枠を越えて，３専攻・３連合講座・１連携講座を編成し，各講座は充実した教授陣容となっている。
学生１人につき３人の教員（主指導教員１人，副指導教員２人）が教育・研究指導に当たり，濃密かつ効率的な教育を実施している。

教育・研究指導の方法

学生は公表された教員の教育研究分野一覧表により，自己の研究にふさわしいと思われる（主）指導教員を選び受験する。 入学を許可された学生には，更にその研究課題にふさわしい副指導教員２人が充てられ，これら３人の指導教員の協力により教育研究指導が行われる。
学生は本研究科の基幹大学である愛媛大学に籍を置き，主指導教員の属する大学に配属され，専ら主指導教員のもとで研究指導を受けるが，随時他の構成大学に属する副指導教員の指導も受ける。
主指導教員は，学生の入学時に作成した教育・研究指導計画書に基づいて，副指導教員と密接な連絡を取りながら研究指導を行う。
2001年４月から，社会人を対象とした「大学院設置基準第14条に定める教育方法の特例」による指導体制も取り入れ，夜間その他特定の時間又は時期においても指導を行っている。
また，同じく社会人を対象として，2004年４月から「長期研究指導学生制度」が導入され，標準修業年限を超えて，計画的な研究指導を受けることができるようになった。 さらに，2016年10月からは，優れた研究業績を上げた社会人に対し，修業年限を２年とする「社会人短期修了制度」を実施している。

教育上の特色

本研究科においては，教育理念に基づき，学生に広い視野に立った農学に関する高度の知識を修得させ，研究者として自立して研究活動を行う能力を養うため，2006年４月から新たな教育課程「学生教育プログラム」を策定し，組織的な教育を積極的に推進している。この「学生教育プログラム」は，複数教員による研究指導，セミナー及び論文の中間考査である中間発表会からなる。セミナーは，基礎教育としての共通セミナー及び専門教育としての特別セミナーから構成される。共通セミナーは，入学初年度に合宿形式で開講し，学位論文作成・発表のための諸技法等について学ぶ。特別セミナーは，本研究科の教員がそれぞれの専門分野に関する最新の知識等を講義し，その中から３年間で10講義以上を受講する。また，中間発表会では，学生の発表会時点での論文評価及び修了までの課題等について，指導教員以外の教員からの指導と助言も受けられるようにしている。
この他，競争的プログラムとして，国際学会での発表に対して公募制による資金援助を行っている。
本研究科は，学問の国際化における役割，資源確保と環境保全における先進国としての日本の役割を果たすため，留学生を積極的に受け入れている。特に，海外から留学する者を対象とした，熱帯・亜熱帯農学留学生特別コース（4月及び10月入学）があり，2002年10月からは，愛媛大学大学院農学研究科、香川大学大学院農学研究科及び高知大学大学院総合人間自然科学研究科農学専攻修士課程（アジア・アフリカ・環太平洋農学留学生特別コース）から本研究科へ接続するアジア・アフリカ・環太平洋農学留学生特別コースも設置された。 　

研究上の特色

各構成大学は，生物資源生産基地としての役割を担ってきた四国地域の実績を学術面から支えてきた歴史を持っている。従って，これらの大学が連合した本研究科は農・林・水産業を支える生産技術・環境・施設から，産物の加工・利用・流通，更には人間の生活環境の問題まで，広い範囲の研究分野を網羅している。