本連合農学研究科における日常的な業務の統括及び構成大学間の調整には，研究科長及び副研究科長が当たっている。研究科の最終的な意思決定は，研究科教員，研究科長及び副研究科長で構成する連合農学研究科委員会が行っている。
また，研究科の運営を円滑に行うために，各講座専攻分野から選出された教員各１名と各専攻から選出された教員各１名，研究科長及び副研究科長で組織する研究科代議委員会，講座専攻分野内における連絡調整を行うための講座専攻分野教員会議等が置かれている。
さらに，本研究科は，３構成大学と常に密接な連携と協力の下に管理運営されており，構成大学間の連絡調整のため，構成大学の学長，事務局長，農学部長，連合農学研究科長及び副研究科長からなる構成法人間連絡調整委員会を設けている。