本研究科においては、博士課程に標準修業年限の３年以上在学し、必要な研究指導の他、授業科目について12単位以上を習得し、また、中間考査である中間発表会を経た上、学位論文を提出し、その審査及び最終試験に合格することを修了要件としている。
ただし、優れた研究業績を上げた者については、本研究科に1年以上または修士課程を含めて3年以上在学すれば足りるものとしている。
修了した者には、愛媛大学から博士（農学又は学術）の学位を授与する。