愛媛大学大学院連合農学研究科は，それぞれに特色を持った四国の愛媛大学，香川大学の農学研究科及び高知大学総合人間自然科学研究科農学専攻が連携して，21世紀を担う優れた人材を育成することを目的とし，人間，社会，自然への深い洞察に基づく総合的判断力と高度な専門分野の学識と技能が身につく教育を目指しています。
また，先見性と独創性のある研究を通して，世界に通用する多くの研究成果を産みだしながら，地域に役立つ人材，地域の発展を牽引する人材を養成すること，さらに，世界各地から優秀な留学生を積極的に受け入れ，当該諸国の将来を担う中核的な研究者を育てることによって社会の持続可能な発展，人類と自然環境の調和に資するとともに世界平和に貢献いたします。